Ammoniak vergiftiging:
Onze vissen produceren afvalstoffen in de vorm van urine en ontlasting, ook voedselresten, eventuele onbevruchte eitjes, beschimmelde eitjes en dood plantenmatriaal zorgen voor het ontstaan van ammoniak. Al deze eerder genoemde factoren worden door bacteriën afgebroken en daardoor ontstaat ammoniak. Ammoniak is buitengewoon giftig. In het water is het slechts ten dele als vrije stof aanwezig, een ander deel wordt omgezet in het ongevaarlijke ammonium-ion. Ook de pH waarde heeft er grote invloed op, hoe hoger de pH des te meer ammoniak er aanwezig is. Bij een pH waarde van 6 is er slechts alleen het ongevaarlijke ammonium-ion te vinden.
Bij een ammoniak vergiftiging lijken de symptomen sprekend op een zuurstofgebrek, de vissen happen naar lucht, hebben een onregelmatige ademhaling en hangen aan de oppervlakte. Door de pH te verlagen zijn de vissen nog te redden. Dat kan gedaan worden door toevoeging van zuur, hou daarbij wel de pH waarde voortdurend in de gaten. Als de vissen zich hersteld hebben dient men het water te verversen. Een ammoniak vergiftiging is alleen mogelijk in alkalisch water.
Door andere (goede) bacteriën wordt ammoniak eerst omgezet in nitriet, daarna in nitraat. Nitraat wordt door planten als bouwstof opgenomen waarna dat door de planten wordt omgezet in zuurstof. Heeft men weinig of geen planten in het aquarium dan kunnen er hoge concentraties nitraat ontstaan, die giftig zijn. In het gemiddelde aquarium zitten vaak (te)veel vissen en de aanwezige planten kunnen niet alle ontstane nitraat verwerken, in goed beplante aquaria gaat dat langzaam aan steeds iets verder omhoog. Om te voorkomen dat er teveel nitraat ontstaat dient men geregeld een gedeelte van het water te verversen.